目前，智库机构资金管理存在着一定程度的不合理现象，这种不合理现象影响了智库机构的健康发展，进而影响了科研工作的正常运转、科研人员的创新积极性以及国家智库建设战略部署的落地生根等。对此，中央关于加强中国特色新型智库建设的保障措施中突出强调了改善智库资金管理。改革科研部门现行资金管理办法成为新型智库建设的一个热点。

　　智库资金管理存在的主要问题

　　一是智库机构资金按照政府机关部门经费管理，智库机构定位不准确导致研究资金管理行政化。智库机构是工作和职能性质不同于政府机关的学术研究机构，也是具有很强科学独立性的决策咨询研究机构。智库机构主要任务是产出学术研究产品和智库咨询产品，而政府机构是政府职能的行使部门，一个是学术创新研究和生产机构，一个是管理部门；一个是用资金进行精神产品创新生产，一个用财政资金保证职能部门运转，性质截然不同。都统一采用政府机构的资金管理办法显然不够合理。因此，必须从创新社会管理的角度对其类别进行科学划分，管理上区别对待。

　　二是按照管理行政机关的方式来管理科研机构导致研究经费使用被束缚。政府机关有严格的财政资金管理规定，智库部门目前的经费管理也是依据这些政府职能部门的经费管理规定来管理，而智库机构除了财政资金外，还有横向社会类课题研究经费，这部分经费由于每年的资金来源和数量的不确定性，无法纳入财政预算，但是目前也间接算作财政资金管理。这导致很多科研费用按照政府机构决算依据管理，形成了资金管理的“一刀切”现象，忽视科研院所资金预决算的独特规律和不同于政府部门的预决算形式和内容，从而导致很多科研费用无法进行决算报销。例如，政府部门严格控制公共经费比例，而目前实行的“全口径”财务管理，就把行政公共经费和课题经费中类似公共经费成分（例如，办公用品费用、图书费等）统筹管理，严格控制比例，导致很多科研费用只能以其他形式变通报销，导致科研人员在成为智库学者的同时，也被现行管理规定被迫进化成为财务报销“专家”。

　　三是政府部门财政资金管理规定与科研工作规律抵牾。财政资金经费管理的一个基本要求是“日日清、月月清、年年清”，但是科研项目无法满足这样的资金决算基本要求，特别是对于跨年度研究项目的决算更是如此。科研经费要随着项目研究进程需要进行资金决算，有时财政部门执行的超过几年研究经费未花或者没有花完就收回等类似的一些资金管理规定，忽视了智库机构的科研工作规律，导致科研人员为尽快执行资金决算而完成项目科研经费开支，出现突击花钱和套钱现象。

　　四是政府财政部门把科研项目经费等同于政府部门的建设项目经费也是一个不够精准的管理做法。近些年随着经济发展下行压力增大，一些地方政府财政吃紧，开始结构性地调整建设项目资金投放，压缩投资规模，削减建设项目经费。有些省份削减幅度很大，甚至削减经费超过一半以上，达到70%。其中智库研究机构的研究项目经费也是按照政府建设项目经费的削减比例要求削减，这是智库经费管理中出现的新的“一刀切”现象。经济发展即使面临一定程度的困难也应保障国家和区域发展的基础性研发经费，为此，要区别对待科研项目资金和建设项目资金。

　　五是科研工作中的人力资源成本费被忽视。目前科研院所科研人员的工资结构中，基础工资只是相对于规定的岗位职责要求而确定的，这些职责要求每年完成具体的目标规定，此外，大量临时性研究工作并不包括在这些目标规定中，基础工资原始设计中也不包括对这些额外工作量的按劳付酬，而目前随机性的额外研究工作往往是年初目标要求的几倍甚至十几倍以上，科研人员的这些超负荷工作的脑力劳动支出基本得不到报偿。